日本锦鲤鱼主要有红白锦鲤、大正三色锦鲤、昭和三色锦鲤等种类。红白锦鲤最为经典,其白底红斑,色彩鲜明;大正三色锦鲤有红斑、黑斑和白底;昭和三色锦鲤则以黑底上有红、白斑纹为特色。还有写鲤,如白写锦鲤,其黑色斑纹犹如墨画。
此外还有别光锦鲤、浅黄锦鲤、衣锦鲤等,它们各具特点,在色彩、斑纹和体型上都有不同表现,深受锦鲤爱好者喜爱。